社保缴费基数低于实发工资不合法。分析说明：根据《中华人民共和国社会保险法》第六十条，用人单位应当自行申报，按时足额缴纳社会保险费，必须按照员工的实际工资来缴纳社保，不能低于这个标准。如果社保缴纳基数低于实际工资，实际上是一种形式上的欺诈，违反了社会保险法的规定，损害了员工的合法权益，也影响了社会保险制度的公平性和可持续性。提醒：当发现社保缴纳基数长期低于实发工资，且用人单位拒绝改正时，表明问题比较严重，应及时寻求专业人士的进一步解决。
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处理方式分析：从法律角度，对于社保缴费基数低于实发工资的问题，常见的处理方式包括：与用人单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼。选择建议：首先尝试与用人单位协商，无果后再向劳动监察部门投诉。若问题仍未解决，可根据情况选择申请劳动仲裁或提起诉讼，以维护自身合法权益。
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具体操作如下：1. 与用人单位协商：明确告知用人单位社保缴费基数低于实发工资的违法性，要求按实际工资缴纳社保，并保留协商记录。2. 向劳动监察部门投诉：提供社保缴纳记录、工资单等证据材料，详细陈述情况，要求劳动监察部门介入调查并责令用人单位改正。3. 申请劳动仲裁：若协商和投诉均无果，可向劳动仲裁机构提交仲裁申请，提供相关证据材料，等待仲裁裁决。4. 提起诉讼：若对仲裁裁决不服，可向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自身合法权益。在整个过程中，建议保留好相关证据材料，以便在需要时提供证明。