工厂厕所抽烟被罚款不合法。依据《劳动法》，用人单位无权罚款，但可采取其他处罚措施。严重情况可能导致员工权益受损，引发劳动争议。
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工厂厕所抽烟常见处理为警告、教育或按厂规处理。选择时应考虑违规程度及员工态度，轻微违规可警告教育，屡教不改可按厂规处理。
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工厂厕所抽烟不合法罚款。处理：1. 首次发现，口头警告并教育；2. 多次违规，书面警告并通报；3. 情节严重，依据厂规处理，如停职检查等，确保合法合规。