判决书生效后两年未申请强制执行，已错过申请期限。依据《民事诉讼法》，强制执行需在规定期限内申请，否则将丧失申请权利，导致判决无法执行，权益无法得到保障。
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未申请强制执行怎么办？分情况处理：1. 尝试与对方沟通，看是否能协商解决，重新确定履行计划；2. 若协商无果，且确有执行必要，应尽快咨询律师，探讨是否可通过其他法律途径补救，如提起新的诉讼或申请其他执行措施；3. 注意保留相关证据，确保在后续法律程序中能证明自身权益，避免因证据不足而再次错失维权机会。
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错过强制执行申请期限，可考虑与对方协商或寻求其他救济途径。若对方愿履行，可重新约定履行方式；若不愿，需咨询专业律师，探讨其他法律手段，如诉讼或仲裁，以维护自身权益。