棋牌室有营业执照，派出所无权没收麻将。因为属于合法经营，非赌博性质，派出所无权干涉。《中华人民共和国治安管理处罚法》等法律规定，合法经营的娱乐场所受法律保护，非法没收属侵权行为。若被非法没收，可能面临行政诉讼及赔偿，影响警民关系及派出所声誉。
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分情况处理：1.若派出所无故没收麻将，应立即索要被没收物品，并要求给出书面说明。2.如沟通被拒，联系上级部门或律师协助，准备营业执照等证据。3.若面临持续骚扰，考虑提起行政复议或行政诉讼，维护合法权益。4.同时，加强内部管理，确保棋牌室活动合法合规，避免误会。
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常见处理方式是先与派出所沟通，证明自身合法性。如沟通无果，可咨询律师，准备相关法律文件，如营业执照、娱乐性证明等，必要时提起行政复议或诉讼。选择处理方式时，应根据实际情况判断，优先考虑和平解决，避免不必要的法律纠纷。